Radnja serija je smeštena u vremenu rata izmedju Galaktičke Republike i separatista pod komandom grofa Dukua. Sve više i više galaksija i planeta je uvučeno u ovoj rat i separatisti sve više šire svoju diktaturu i tiraniju. Hrabri Džedaj vitezovi koji komanduju vojskom klonova se bore da sačuvaju mir u glaksiji, zaštite sve planete, očuvaju Republiku i uhvate grofa Dukua i tako pobede u ovom ratu.