Ekspedicija na Atlantis pod vodstvom Dr. Weir dolazi u grad Drevnih i ubrzo su prisiljeni tražiti izlaz iz krize uzrokovane kroničnim nedostatkom energije te zalihama hrane koju zbog nemogućnosti pozivanja Zemlje ne mogu osigurati. Tako upoznaju Athosijance, a skupa sa njima i nove moćne neprijatelje Wraithe, koje bude iz dugogodišnje hibernacije. Major Sheppard sastavlja tim koji se sastoji od njega, Dr. McKaya, poručnika Forda i Athosijanke Teyle. Također početkom sezone stvaraju sebi nove neprijatelje Geniije, vojnu civilizaciju sa tehnologijom iz 1950-ih godina. Pred kraj sezone pod napadom Wraitha spremaju se na evakuaciju sa Atlantisa, ali im u zadnji trenutak stiže pomoć sa Zemlje. Sezona ipak završava opsadom Atlantisa, ne prikazujući konačan ishod.