Posle dugotrajne kardasijanske okupacije, planeta Bejdžor najzad je oslobođena. Upravu nad svemirskom stanicom nakon povlačenja okupatora preuzimaju domaće snage uz saradnju Zvezdane flote. Otkrićem stabilne crvotočine u blizini stanice, raste značaj odnosa Federacije sa Bejdžorom.
DS9 je jedini serijal Zvezdanih staza u kojem radnja nije smeštena na istraživačkom svemirskom brodu ali ovo premeštanje nije nepovoljno uticalo na dinamiku. Naprotiv, naročito u kasnijim sezonama DS9 nudi neke od najžešćih okršaja u okviru Star Trek univerzuma.